MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cardinium endosymbiont cEper1 of Encarsia pergandiella plasmid pCher

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018606	TAA	2	6	66	71	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018606	T	6	6	77	82	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018606	ATTATA	2	12	118	129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018606	ATA	2	6	148	153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018606	TTTC	2	8	188	195	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_018606	TCG	2	6	1221	1226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018606	CA	3	6	1227	1232	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_018606	TAA	2	6	1344	1349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018606	ACG	2	6	1374	1379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018606	TTA	2	6	1387	1392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018606	TGT	2	6	1400	1405	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018606	TTAT	2	8	3435	3442	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018606	AATG	2	8	3484	3491	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018606	TAT	2	6	3502	3507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018606	TGA	2	6	3585	3590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018606	ACAA	2	8	3592	3599	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_018606	A	6	6	3641	3646	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018606	A	8	8	3654	3661	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018606	TA	3	6	3689	3694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018606	GATAT	2	10	3715	3724	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018606	TA	4	8	4717	4724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018606	TAA	2	6	5519	5524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018606	AAT	2	6	5525	5530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018606	TAC	2	6	5539	5544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018606	AT	3	6	5598	5603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018606	T	9	9	5605	5613	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018606	A	6	6	5655	5660	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018606	AC	3	6	5666	5671	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_018606	AGAC	2	8	5678	5685	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_018606	T	8	8	5729	5736	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018606	A	7	7	5793	5799	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018606	AT	3	6	5812	5817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018606	T	6	6	5867	5872	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018606	ACT	2	6	5896	5901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018606	TAT	2	6	5908	5913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018606	AG	3	6	5926	5931	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018606	AAAT	2	8	5947	5954	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018606	TA	3	6	5968	5973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018606	GTA	2	6	7002	7007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018606	ACT	2	6	7041	7046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018606	TA	3	6	7113	7118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018606	AAT	2	6	7135	7140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018606	TAA	2	6	7150	7155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018606	TCT	2	6	7164	7169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018606	GTCT	2	8	7195	7202	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_018606	GT	3	6	7384	7389	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018606	CGA	2	6	7391	7396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018606	AGAA	2	8	8424	8431	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018606	TAT	2	6	8467	8472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018606	ATTATA	2	12	8489	8500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018606	A	6	6	8538	8543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018606	TTA	2	6	8549	8554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018606	CTAT	2	8	8573	8580	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_018606	ATT	2	6	8581	8586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018606	TTA	2	6	8625	8630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018606	AAT	2	6	9445	9450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018606	ACATA	2	10	9467	9476	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018606	TTCT	2	8	9490	9497	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_018606	ATG	2	6	9499	9504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018606	TAG	2	6	10632	10637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018606	ACT	2	6	10670	10675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018606	ATTT	2	8	11700	11707	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018606	AT	5	10	11708	11717	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018606	AAT	2	6	15067	15072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018606	TATT	2	8	15078	15085	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018606	TTTGT	2	10	15135	15144	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018606	A	6	6	19932	19937	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018606	TTA	2	6	22582	22587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018606	ATT	2	6	22603	22608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018606	TAT	2	6	22619	22624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018606	AAAT	2	8	22625	22632	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018606	A	7	7	22659	22665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018606	TA	3	6	23210	23215	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018606	TTTAT	2	10	24952	24961	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018606	TA	4	8	25177	25184	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018606	ATA	2	6	25192	25197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018606	TA	4	8	25196	25203	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018606	A	7	7	25222	25228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018606	AT	3	6	25232	25237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018606	A	7	7	25245	25251	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018606	T	6	6	25269	25274	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018606	ATT	2	6	25301	25306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018606	AAGAG	2	10	25374	25383	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018606	A	6	6	25420	25425	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018606	AT	3	6	25438	25443	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018606	AGAA	2	8	25452	25459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018606	TAT	2	6	27816	27821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018606	T	7	7	28103	28109	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018606	GTATA	2	10	28122	28131	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018606	TTA	2	6	28145	28150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018606	ATA	2	6	28154	28159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018606	T	6	6	28161	28166	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018606	A	8	8	28170	28177	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018606	TA	3	6	28462	28467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018606	ATT	2	6	28490	28495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018606	ATA	2	6	28496	28501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018606	TCCC	2	8	28553	28560	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_018606	TGG	2	6	28597	28602	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018606	GCT	2	6	28668	28673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018606	GTT	2	6	30689	30694	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018606	A	7	7	30699	30705	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018606	ATT	2	6	30722	30727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018606	T	6	6	30747	30752	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018606	T	7	7	30769	30775	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018606	ATAC	2	8	30795	30802	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_018606	AAC	2	6	30827	30832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_018606	CAA	2	6	30858	30863	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018606	GTA	2	6	31109	31114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018606	GTA	2	6	31117	31122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018606	TAC	2	6	31149	31154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018606	TAC	2	6	31162	31167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_018606	T	6	6	31169	31174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018606	TAAT	2	8	31193	31200	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018606	TA	5	10	31203	31212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018606	GTA	2	6	31226	31231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018606	GTA	2	6	31234	31239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018606	TTAT	2	8	31243	31250	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018606	ATA	2	6	31251	31256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018606	AT	4	8	31288	31295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018606	TA	5	10	31299	31308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018606	TAC	2	6	31328	31333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018606	TAC	2	6	31336	31341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018606	TAA	2	6	31345	31350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018606	ATT	3	9	31374	31382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018606	TAC	2	6	31391	31396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_018606	TAC	2	6	31413	31418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018606	TAC	2	6	31421	31426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_018606	A	6	6	31481	31486	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018606	GAA	2	6	31517	31522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018606	GT	3	6	31537	31542	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018606	T	7	7	31542	31548	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018606	TA	3	6	31553	31558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018606	A	7	7	31565	31571	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018606	TCA	2	6	31575	31580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018606	TGT	2	6	31606	31611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018606	ATA	2	6	31655	31660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018606	AAT	2	6	31672	31677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018606	TAT	2	6	31682	31687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018606	GGA	2	6	31719	31724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018606	AT	3	6	31739	31744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018606	TAAA	2	8	31806	31813	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018606	A	6	6	31823	31828	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018606	A	7	7	31855	31861	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018606	ACTT	2	8	31876	31883	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_018606	TAT	2	6	31884	31889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018606	TTAT	2	8	31892	31899	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018606	ATA	2	6	31900	31905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018606	AT	4	8	31953	31960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018606	TAA	2	6	31998	32003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018606	TAG	2	6	32369	32374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018606	TA	3	6	32380	32385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018606	GAA	2	6	32399	32404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_018606	TAA	2	6	35884	35889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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300	NC_018606	ATT	2	6	53984	53989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_018606	TA	3	6	54982	54987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018606	T	6	6	56715	56720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_018606	TAT	2	6	56731	56736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_018606	ATC	2	6	56779	56784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
305	NC_018606	TTA	2	6	56801	56806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_018606	GAT	2	6	56837	56842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
307	NC_018606	TAA	2	6	57780	57785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_018606	T	6	6	57791	57796	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.